TRANSFAC平面文件下载版：位置权重矩阵 (PWMs)，转录因子结合位点预测

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TRANSFAC®（包括 TRANSCompel® 和 TRANSProTM）包含真核转录因子（和 miRNA）、它们通过实验确定的 DNA 结合位点和共有 DNA 结合基序 (PWM)，以及关于组合基因调控和因子-因子相互作用的数据。 用转录因子 ChIP-Seq、DNase 超敏反应和来自 ENCODE 项目 ( https://www.encodeproject.org/ )
和其他来源的组蛋白甲基化区间注释的启动子、增强子和消音器补充了手动整理的结合位点数据。
基于位置权重矩阵 (PWM)，可以在调节区域（使用 MatchTM）识别转录因子结合位点。
在 TRANSFAC® 平面文件下载版中，包含的 Match TM 库中的工具可以在命令行上使用，或者 PWM 可以与用户的工具一起使用。 该视频简要概述了 TRANSFAC® 平面文件下载版本。

目前已有的 TRANSFAC® 数据库版本：
TRANSFAC® 平面文件下载（无用户界面），包括用于转录因子结合位点 TFBS 预测的命令行工具
TRANSFAC® 在线，带有基于网络的 TFBS 预测工具，可选择与其他数据库集成
TRANSFAC® 安装包，用于基于 Web 的内部/本地安装以及后端访问
geneXplain® 平台中的 TRANSFAC® PWM（通过 GUI 和 API 在线访问）提供用于分析 NGS 数据和其他 HTP 数据的工作流程
Genome Enhancer TM 中的 TRANSFAC® PWM，这是一种用于分析疾病多组学数据以识别预期药物靶标和治疗的全自动管道

TRANSFAC® 在线软件包及其功能可在以下位置查看：https://genexplain.com/transfac-features-and-packages/